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肝內膽管結石1cm，如患者無發熱、腹痛，B超和CT檢查未發現膽管擴張、腫塊、肝功能和腫瘤指標正常、無肝臟萎縮，則不需要進行任何處理。每年定期複查肝膽B超、CT、磁共振，以及肝功能、腫瘤指標，判斷有無膽管狹窄、肝臟萎縮、 癌變的可能，再考慮是否進行外科處理。
肝內膽管結石一般不會引起右上腹隱痛，右上腹隱痛常見於多髮結石造成的膽管堵塞或膽管狹窄、反覆膽道感染，同時還伴有畏寒、發熱。尤其肝內膽管結石掉入膽總管時，會誘發急性化膿性膽管炎，甚至引起 胰腺炎，疼痛非常劇烈。只有通過腹腔鏡手術或ERCP手術解除梗阻後疼痛才能緩解。
肝內膽管結石引起的疼痛主要在肝區附近，通常較小的肝內膽管結石，並不會引起明顯疼痛。只有當結石較大，阻塞膽管後，由於膽管劇烈收縮，可能會引起膽道痙攣性疼痛，通常位於上腹正中，或者上腹偏右的位置。如果疼痛比較嚴重，可以 向右肩背部放射。除疼痛外，患者可能還會存在皮膚鞏膜黃染、發熱等全身多個器官、系統的表現。
如果肝內膽管結石比較嚴重，主要表現為結石阻塞膽管，造成肝功能異常，或者誘發急性膽管炎，甚至肝萎縮和肝內膽管癌。肝內膽管結石由於長期存在於膽管內，可以導致膽管阻塞，患者會出現明顯的肝功能異常，其典型症狀表現為皮膚鞏膜黃染、小 便顏色加深、皮膚瘙癢等。在膽道梗阻的基礎上，可能還會有細菌感染，患者會出現寒戰、高熱等急性膽管炎的表現。
肝內和肝外膽管結石均為常見外科疾病，相對於肝外膽管結石，肝內膽管結石較為複雜，處理較為棘手，病情更嚴重。肝內膽管結石可引起膽道梗阻，感染以及肝細胞破壞，甚至引起肝萎縮。目前手術治療主要是肝部分切除術、肝內膽管切開取石術、肝門部膽管狹窄修復重建術、肝移植術等。肝外膽管結石包括膽總管結石，由於膽總管較粗，直徑可達到6mm，臨床上多采用ERCP取石或開腹或腹腔鏡取石術，處理較容易。