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複雜性腎囊腫的治療取決於囊腫類型，大部分複雜性腎囊腫可以治癒。通常建議患者進行增強的CT掃描，可以清楚看到腎囊腫結構。在泌尿外科，對於腎囊腫有Bosniak分級的分級系統。簡單來說，腎囊腫是透明大水囊，通常沒有惡性度。
患者腎囊腫為5-6cm，通常可進行手術，但並非必須進行。如果患者出現囊腫側腰部不適，囊腫壓迫正常腎組織影響腎臟功能，壓迫集合系統引起腎積水，高血壓症狀考慮與囊腫有關，則需積極進行手術。
腎囊腫不會影響性功能，腎囊腫屬於先天發育的疾病，病因主要是由於在腎小球的遠曲小管位置發生堵塞，導致原始的尿液越積越多、越來越大，形成腎囊腫。其發病率較高，可能每10個人就有1個患者，但囊腫部分較小，可無任何影響。
腎囊腫手術與穿刺效果均可，但在穿刺以後需要用硬化劑類藥物，而國內可以批准在人體用的硬化劑非常少，所以從效果或者治療的合法性而言，多數情況下如果僅穿刺，不用硬化劑，效果不會太好，手術效果更好。不管是哪種情況下，穿刺效果都不 如手術效果更直接，穿刺後復發可能性會更大。