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肛瘻一經診斷必須通過手術治療，肛瘻不能自愈，肛瘻主要由肛周膿腫發展而來。肛周膿腫是肛腸科常見的肛周感染性疾病，膿腫通過切開引流或自行破潰之後一般會形成肛瘻。肛瘻一般由外口瘻管和內口組成，如果是輕微肛瘻，手術比較簡單，恢復比較快，住院時間短且費用低。
肛瘻手術不是僅處理壞死組織，手術需要清除部分陳舊的感染組織，清除可稱為刮除，不僅處理陳舊的炎性組織。肛瘻有2個口，即內口和外口，內口和外口之間是瘻管。肛瘻手術主要目的是找到內口後將瘻管打開，讓瘻管組織從底部向外生長，將瘻管完全封閉，此為肛瘻手術關鍵的步驟。
正常肉芽不用修剪，因為肉芽是正常組織。但如果肉芽高於創面、高於皮膚之上，此時必須修剪，如果不修剪，皮膚爬不上去。肛瘻治療原則是切開整個肛瘻，讓壞死組織脫落，管壁壞死組織都會變成膿液流出來。當壞死組織全部脫落以後，會從基底部長出正常肉芽，只要不長虛即可。但是，如果都填滿以後肉芽再長高，則需要修剪，因為只有修剪後，創口邊上的皮膚才能往上爬，如果不處理肉芽，皮膚永遠爬不上去。
肛瘻創口完全癒合之前都會流膿，實際上不是膿，而是創口正常的分泌物，並非炎性表現，可能部分患者分不清楚。從術後第一天一直到最後完全封口，都會有液體組織流出來，具體要流多長時間，取決於肛瘻術後生長的時間，具體如下：
高位複雜性肛瘻是難治性疾病，屬於國際性難題，很多國外的治療方法是帶瘻生存。因為高位複雜性肛瘻特別容易遺漏瘻管、支管，故復發幾率非常高。只有一次性清理乾淨高位肛瘻中所有瘻管，才能保證治癒、不復發。因此，治療過程當中對於高位肛瘻的檢查特別重要，具體包括以下幾種：
肛瘻術半年之內，尤其是3個月之內瘢痕較硬、彈性差，有針扎式疼痛或攣縮式疼痛，此時建議用軟化瘢痕的藥膏儘早軟化，減少瘢痕引起的疼痛。肛瘻治療原則為敞開整個瘻管，幫助裡邊壞死組織脫落，分泌出膿液，最後填充肉芽組織，待皮膚爬上瘻管才能徹底治癒。最終會形成瘢痕，但是瘢痕大小取決於瘻管的情況，具體如下：
肛瘻術後傷口周圍有白色分泌物是正常的，分泌物有可能是白色、黃色、膿樣，都是正常的。因為肛瘻治療時，會把肛瘻管道徹底敞開，敞開後壞死組織不進行剔除，這些組織會液化壞死，變成液態膿、分泌物等，排 出體外，創口邊上會經常有白色分泌物，不需要時刻擦乾淨。在創口癒合過程中，在爬皮時肛門周圍也會發白，無需擔心，是正常情況。創口癒合後，創口爬上皮後都變成白色瘢痕，最後再轉換成膚色。