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保守治療通常不能使肛瘻痊癒，肛瘻保守治療主要是進行藥物治療或局部持續引流治療。藥物治療可以在炎症期對炎症進行控制，局部引流可以幫助固定瘻管。但肛瘻需要手術才能徹底治癒，保守治療只能控制症狀，延緩病情進展。
肛瘻瘻管並非一定可觸及，若瘻管較大、較明顯，可通過觸診觸及。如果肛瘻外口較明顯，可循外口向肛瘻裡面逐步進行觸診，觸診過程中如果瘻管較淺則容易摸到。若患者瘻管路徑比較深，則不一定能摸到，需要藉助其它手段判斷。
肛瘻的分泌物要及時處理，因為分泌物中含有大量的細菌、壞死物質，細菌和壞死物質在創口停留時間越長，對傷口的影響越大。所以一旦發現肛瘻上有明顯的分泌物，要進行積極的高錳酸鉀或中藥坐浴，或使用PVP-I，以及溫鹽水清洗，清洗後局部覆蓋一塊幹紗 布，後期還需要定期換藥。
治療肛瘻最有效的方式是手術治療。手術治療方式也較多，包括比較常用的竇道切開術，位置比較深或者竇道比較長的患者可以採用竇道切除術，還有竇道切除加直腸瓣轉移手術，但是沒有一種手術保證能100%治癒。尤其是高位複雜肛瘻，現在對於世界也是一種難題，低位特別簡單 的肛瘻治療較簡單，任何醫生都能處理，但高位極其複雜的肛瘻，任何一個醫生都不敢保證100%沒有問題。因為肛瘻手術除要切除原發病病灶之外，還要保護肛門功能，不能做完手術以後竇道好了但肛門失去功能。所以肛門手術應該比較複雜，也是難度比較高的手術。肛瘻保守治療中沒有太好的藥物對肛瘻有治癒效果，包括現在的外用藥物、栓堵、生物膠等，都是配合手術中使用，起到一定輔助作用，單純藥物治療無效。