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患者做B超可以檢查出卵巢囊腫，在婦科檢查時，通常會為患者做超聲檢查，即B超，檢查患者的子宮、卵巢是否長有腫物，B超對新生的腫物較敏感，所以B超容易檢查出卵巢囊腫。B超通常需要檢查以下幾個方面：
無回聲的卵巢囊腫5cm，通常屬於良性。卵巢囊腫本身就是無回聲，無回聲是B超的描述，代表液體，只有腫物內充滿液體，超聲才會描述有回聲，才能稱為囊腫。因此存在無回聲的5cm卵巢囊腫並不嚴重。正好處於邊界的大小，通常在5cm以下時應注 意區分卵巢囊腫性質。
卵巢囊腫有時會導致患者出現肚子疼的症狀。一般單純性卵巢囊腫多數為良性腫瘤，惡變幾率不到10%，但有可能會出現比較嚴重的併發症，如卵巢囊腫的扭轉或破裂，尤其是在劇烈活動，如同房或擠壓等條件下，患者可能會突然出現肚子疼。因此卵巢囊腫患 者突然出現肚子疼或急劇疼痛，要注意觀察是否發生卵巢扭轉或破裂，導致其中的液體或血性物質刺激腹腔，形成急性腹膜炎。
卵巢囊腫從解剖上而言，不會直接壓迫到肛門。卵巢囊腫位於盆腔中，在盆腔最下端的宮頸後面是肛門，所以卵巢囊腫不會壓迫到肛門，但是巨大的卵巢囊腫可能會落到患者的道格拉斯窩內，道格拉斯窩位於子宮後壁，直腸前面。因此患者可能經常會有裡急後重 或下墜、壓迫的感覺，其實此種壓迫感並非來自於肛門的壓迫感，是由其它部位向下的力量傳導而來。
一般在臨床上卵巢囊腫手術，無論是囊腫剝除術，還是囊腫切除術，術後一般均是休息1個月。現在囊腫手術操作較簡單，均是進行腹腔鏡下手術，基本不進行開腹手術。腔鏡手術相比開腹創傷較小，術後恢復較快。常規情況下，一般術後第2天病人即可下床活動。但一般在臨床上要求病人術後堅持休息1個月，對身體恢復有一定好處。
卵巢囊腫手術後月經提前，可能由於卵巢囊腫術後，對女性的內分泌功能具有一定影響。正常情況下，卵巢囊腫不做手術時，對月經基本不會產生較大影響。但在臨床上能夠看到部分患者，做完手術後月經出現改變。多數患者可能存在月經提前，此時考慮卵巢手術影響到女性內分泌功能。
多囊卵巢囊腫和單房卵巢囊腫，症狀上並無太大區別，早期時並無明顯症狀，長大後才出現相應症狀。臨床上由於卵巢囊腫並無症狀，因此在臨床上的發現通常是進行婦科檢查時，或患者存在其他疾病就診時才發現。當囊腫長到一定大小時，可能會引 起相應的症狀，如出現下腹輕微不適或隱痛，還會引起壓迫症狀。
卵巢囊腫術後，應等到身體狀況恢復好後再洗澡。若恢復較快，在術後2-3個星期、身體能承受時，則可以洗澡，但還是建議時間稍晚較好。因為病人經歷過一次手術和麻醉，身體狀況較為虛弱，且手術後狀態恢復需要一定的時間。
腹腔鏡將卵巢囊腫取出，通常在卵巢囊腫剝除或切除後，從左下腹的腹腔鏡開口處，放入一個消毒無菌的塑料袋。再將囊腫放入袋中，將袋子開口，經過右下腹切口拉到體外，在塑料袋內用針將囊腫刺破。
卵巢囊腫破裂通常不會自愈，少數卵巢生理性囊腫有可能自愈，如黃體破裂。如果黃體破裂不嚴重、出血較少，破口的血管可能會自行止血，不需要手術治療。經過觀察後，腹腔內積血逐漸變少，腹痛症狀逐漸減輕到消失，這時不需要手術治療，只用進行觀察，並服用止血的藥物和抗生素。
卵巢囊腫手術後可能會復發，但這種病例非常少見，在臨床上絕大部分囊腫在手術後都不會復發。但部分類型的卵巢腫瘤容易復發，如臨床上容易出現雙側畸胎瘤，也就是兩側卵巢同時發現畸胎瘤，畸胎瘤術後容易復發。