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子宮內膜異位症很難根治，除非月經閉止。子宮內膜異位症是激素依賴性疾病，主要和雌激素水平有著密切關係，雌激素是女性重要的激素，通俗的來講只要有月經雌激素就會在體內發揮作用，月經來潮以前和月經閉止以後很少發生子宮內膜異 位症。
典型的子宮內膜異位症主要的症狀就是經期疼痛、性交痛還有不孕，疼痛主要是在經期發生或者是經前1-2天持續到整個經期，也有來月經的第1-2天疼痛非常劇烈，等出血經血流暢以後，疼痛就會得到緩解。疼痛非常劇烈，涉及的範圍也比較大，可以牽 扯到腰骶部甚至大腿內側，雙下肢都會疼痛，疼痛的時候主要的治療的方法就是緩解疼痛，中醫講就是急則治標緩則治本，西醫用止痛藥，中醫行氣活血止痛或者是暖宮止痛的藥物，能夠迅速緩解疼痛。有一些患者如果沒有及時治療，病情進一步加重，在平時也會出現小腹部疼痛在經期加重或者是平素腹痛，腰痛的症狀也比較明顯。內異症患者如果確診了，還是要積極就診，預防演變為嚴重的程度。
女性子宮在盆腔中央，子宮是人類妊娠的重要部位，月經來臨也是靠子宮內膜脫落造成，子宮在盆腔非常中心的位置，大小、位置跟功能都有相關性。正常女性子宮分三種位置，前位、中位、後位。最常見婦科疾病會影響子宮位置，比如子宮內膜異位症、子宮腺肌症。比較嚴重的子宮異位症叫深部結節性子宮異位症，會把子宮後壁跟腸道，甚至跟子宮腔會有嚴重粘連，不管是前位，中，後位，粘連都會把子宮位置固定在偏後位位置。偏後位子宮活動度減少，輸卵管隨時會受到影響，甚至造成輸卵管堵塞、壓迫，這種情況下後位子宮，加上嚴重內膜異位症會造成女性不育。作為女性，不育跟疼痛非常嚴重，會造成身體不適症狀和表現。所以後位子宮沒有什麼好處，可能是疾病徵象。正常子宮位置也有後位，沒有疾病造成，對女性生殖和生理沒有影響，所以後位子宮並沒有什麼好處，只是生理或者病理表現。
子宮內膜異位症指子宮內膜生長到子宮腔以外的器官部位，稱之為子宮內膜異位症。子宮內膜異位症好發於30-50歲的生育年齡的婦女，其發病率一般在15%-20%。子宮內膜異位症的病因目前尚未明確，而子宮內膜外移部位常見於卵巢，可形成卵巢異位囊腫；若外移至腹腔、盆腔內，則稱之為腹膜型子宮內膜異位症；還可生長在深部的部位，稱之為深部結節。
子宮內膜異位囊腫，即子宮內膜生長於卵巢以及其它部位，並形成囊腫。對於此類囊腫一般可以通過微創手術，比如腹腔鏡手術從卵巢將其剝離，並沖洗乾淨。所以微創手術可以用於處理巧克力囊腫。對於患者而言，巧克力囊腫直徑一般在4cm 以上則應進行手術。若囊腫體積比較小，直徑為1-2cm或者2-3cm，同時患者存在生育要求，則可以於生育後再觀察囊腫。但如果囊腫比較大，則將影響生育，因此通常囊腫直徑超過4cm以上會建議進行手術。
子宮內膜異位症根據發病的不同部位，症狀不同，如果長在卵巢上，稱為巧克力囊腫；如果在腹膜裡或在重要器官和植入點裡出現結節，稱為深部內膜異位症。深部內膜異位症，雖然結節很小，但有症狀還是要進行手術，如果卵巢囊腫長到4-5cm，則 會引起不孕，也要手術。如果囊腫2-3cm，且沒有任何症狀，沒有生育要求，患者年齡在35歲以下，可用藥物進行處理。
做完子宮內膜異位症手術後，如果是做深部內異症切除手術，一般切除乾淨後，後續治療相對較少，但並不是不管。如果40歲以前要口服避孕藥，抑制內膜異位症復發，如果有吸菸史，35歲以後不主張再口服避孕藥，可以應用其它 藥物，如地諾孕素或曼月樂環都可以較好控制和抑制內異症復發。
子宮內膜異位症極易復發，子宮內膜異位症如果僅做手術，不給予術後遠期治療和隨訪，五年後複發率可在50%-60%，故一半患者都會復發。要求在術後要長期管理，評分在Ⅲ-Ⅳ期患者可給予GnRHa治療，3-6個月要根據病情和生育要求進行治療 ，該時間段治療不代表著結束。
子宮內膜異位症會影響懷孕，在不孕症裡有30%-60%的患者都是由於內膜異位症引起，內膜異位症和不孕症密切相關，很多不孕症病人在做不孕症手術時發現盆腔有很多內異症病灶。
正常情況下子宮內膜應該生長在子宮腔裡，如果子宮內膜異位到子宮外或異位到盆腔就形成了子宮內膜異位症，如果異位到卵巢可能形成卵巢巧克力囊腫，如果異位到子宮肌層則是子宮腺肌症。子宮內膜異位症可以異位到各個部位，主要是在盆腔，也有 可能會影響到其它某些遠處部位。子宮內膜異位症病因不清，最常見的一種解釋是經血倒流，即來月經時通過輸卵管流到盆腔，是經血倒流的一種學說。但是這個學說也不能解釋所有的內膜異位症，因為經血倒流的人很多，並不是所有的人都會得子宮內膜異位症。另外，異位到遠處，如少見的肺部有內膜異位症，用經血倒流的說法也無法解釋。
多數子宮內膜異位症的患者沒有特別典型的症狀，部分患者會出現痛經或者下腹痛的症狀，來就診時可以進行婦檢，有時可以摸到陰道後穹窿裡有接觸性疼痛的小結節，或者做婦檢時可以摸到附件區有包塊，還可以通過B超直接觀察到卵巢上的 子宮內膜異位囊腫。此外，部分患者需要通過核磁或者其它的檢查進一步確診。