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子宮內膜異位症的治療是比較複雜的過程，醫生會根據子宮內膜異位症發生的部位、性質等來進行綜合的治療。如做檢查時，B超發現卵巢上有子宮內膜異位囊腫，俗稱巧克力囊腫，如果超過了4cm，會建議進行手術治療。若出現性交痛、不孕症等症 狀，可能也需要進行手術的干預。
子宮內膜異位症的表現之一就是不孕症，子宮內膜異位症的患者不孕率高達40%。子宮內膜異位症的患者可以妊娠，但相對困難，尤其是手術後的患者，卵巢功能可能會受損，要定期複查卵巢功能，及時監測，必要時儘早進行輔助生殖技術的助孕治療。
子宮內膜異位症手術的治療只是減少子宮內膜病灶的方式，無法完全切淨或者治癒子宮內膜異位症。術後需要很多的輔助措施長期預防復發，包括藥物治療，其中一項是長效的GnRHa，需要28天打一針。根據患者子宮內膜異位症的分期不同會要求進行不同週期的治療，通常會在3-6個週期，手術後每隔28天要到醫院進行一次長效GnRHa的注射，最長的是半年。如果患者年齡＜40歲，可以長期口服避孕藥預防復發。複查的內容主要是卵巢的功能，還有盆腔的彩超，判斷子宮內膜異位症是否復發，一般在預防復發治療之後，即手術後三個月-半年內進行復查。
子宮內膜腺肌病導致子宮逐漸增大，經量增多，經期延長，會引起繼發性的痛經，進行性加重，這是子宮腺肌病的典型特點。子宮內膜異位症症狀是異位到相應部位出現相應症狀，比如異位到尿管上，壓迫尿管引起尿管的狹窄，甚至引起輸尿管積水，腎臟損傷，異位到腸管壓迫直腸，異位到神經引起疼痛。也就是子宮內膜異位症的症狀跟異位病灶不同而不同。
在臨床上子宮內膜異位症屬於常見疾病，治療子宮內膜異位症的中成藥比較多，需要根據不同病因和症狀，選擇不同藥物治療，而且建議在醫師指導下選用。比如田七痛經膠囊、少腹逐瘀顆粒、益母草顆粒、散結鎮痛膠囊、桂枝茯苓丸等，以上藥物對於子宮內膜異位症等引起的下腹痛、痛經且合併不孕等具有一定治療效果。
中藥對子宮內膜異位症有一定治療效果，但是不能根治。如果想要根治，只有將子宮附件以及盆腔內所有異位內膜病灶予以切除和清除，術後不用雌激素補充治療，幾乎不復發，適用於45歲以上重症患者。
避孕藥是同房後防止意外懷孕的有效藥物。但口服避孕藥只是藥物治療方式之一，是最早用於治療內異症的激素類藥物，其目的是降低垂體促性腺激素水平，並直接作用於子宮內膜和異位內膜，導致內膜萎縮和經量減少。長期連續服用避孕藥 ，造成類似妊娠的人工閉經，稱為假孕療法。目前臨床上常用低劑量高效孕激素和炔雌醇複合劑，此法適用於輕度內異症患者，副作用主要有噁心、嘔吐，並警惕血栓形成風險。目前對於子宮內膜異位症，中醫中藥治療有其獨特優勢。
目前腹壁子宮內膜異位症首選手術治療，切除內異症的結節，手術範圍最好在病灶外緣多切除0.5cm，保證徹底切除病灶，降低復發風險。較小病灶切除後，醫生可以通過最基本的外科減張縫合修復傷口。
如果發生子宮內膜病變，主要症狀表現為月經的問題，如月經推遲、出現不規則的陰道出血、反覆流產。子宮內膜病變屬於病理診斷，主要有不同的臨床表現。子宮內膜病變可以發生在各個年齡段，如育齡期女性、圍絕經期女性，而且容易和月經混淆。月經週期 的延長或不正常的陰道少量出血都是常見的臨床表現，臨近絕經期或絕經前女性可表現為月經紊亂。該時期的子宮內膜癌最容易誤診，因為在圍絕經期卵巢功能下降、雌激素降低這個過程中，圍絕經期同時並有子宮內膜病變的幾率也很高。一般給予B超檢查，最簡單的方法是進行診斷性刮宮，如果再條件好點可以做宮腔鏡手術，主要目的是將子宮內膜取出送病理學檢查。檢查排除子宮內膜病變的發生，或子宮內膜癌變的發生。此外，肥胖、高血壓、糖尿病、未婚未育以及絕經時間後延的女性，特別是有子宮內膜癌家族史，或其它腫瘤家族史的患者一定要提高警惕。發生月經不正常時要及時就醫、及時進行診刮，確定宮腔、子宮內膜情況，以防延誤病情。
子宮內膜異位症要看病灶的部位，如果能夠在聲像圖上看到病灶，B超多可以做出比較明確的診斷，如果B超表現不明顯，不能肯定診斷為子宮內膜異位症。子宮內膜異位是子宮內膜異位在子宮內膜以外的部位，可以發生在宮體、盆腔、卵巢等，常見的部位是 子宮肌層，還有卵巢、後窿隆闊韌帶等。子宮內膜異位有典型的超聲表現，異位在肌層叫做子宮腺肌症，表現為子宮增大、肌層明顯增厚、回聲不均，以子宮後壁多見，這樣會引起內膜的前移，病灶多沒有清楚的邊界，內部血流是疏散條狀的星點狀血流。
子宮腺肌症就是子宮內膜異位症，是異位病灶到了子宮肌層。子宮腺肌症B超最主要的表現是子宮形態飽滿、子宮明顯增大，因為肌層有異位的內膜，每個月經週期都會出血，所以就使得肌層回聲不均勻，肌層明顯增厚。