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子宮內膜巧克力囊腫，可以通過手術的方式和藥物的方式來進行治療，例如子宮內的巧克力囊腫如果是在三公分以上，是沒有辦法進行藥物來進行治療的。儘可能還是要通過腹腔鏡下的巧克力囊腫撥出手術，幫助把囊腫剝除。然後再進行手術，用藥物例如醋酸戈舍瑞林緩釋植入劑來進行預防巧克力囊腫的復發，它的復發幾率會非常高，會存在有20%-40%的幾率。
巧克力囊腫穿刺的費用大約需要3000-4000元左右，不同的醫院收費會有所不同，不同的地區收費標準也會有所差異。一般情況下，巧克力囊腫術前要常規進行一些檢查，要行彩超檢查，瞭解囊腫的大小以及位置；行白帶檢查，瞭解有無陰道的炎症；行血常規檢查、傳染病的檢查、心電圖的檢查以及凝血四項的檢查。如果檢查沒有異常，巧克力囊腫是在超導監測下行囊腫的穿刺手術，事先要設計好穿刺路徑，避開腹腔的大血管以及腸管。
巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種，在臨床上絕大部分通過手術治療，術後複發率相對比較高。在巧克力囊腫術後絕大部分需用注射用醋酸曲普瑞林治療三個月或半年，主要是為了預防復發。
卵巢囊腫絕大部分都是生理性的，有黃體囊腫和卵泡囊腫，這種囊腫大部分過2個月左右就會消失。但是，卵巢的巧克力囊腫是子宮內膜異位症，是病理性的，是不會消失的，隨著時間延長巧克力囊腫會逐漸增大，同時還會表現為痛經和不孕症，所以，這兩種囊腫是有區別的。
卵巢巧克力囊腫屬於子宮內膜異位症的一種，會引起小腹部的疼痛，最主要的表現是在經期的時候，小腹部疼痛會加重，而且往往會引起不孕不育，或者出現陰道不規則出血的情況。這種情況一旦發現，及時給予處理，最好做手術進行治療。
腹腔鏡下的巧克力囊腫微創手術，採用全麻的方式進行麻醉，在腹部臍周處包括髂前上棘的1/3、髂前上棘的2/3進行打孔，進行打孔後，顯微的器械大概在3-4mm左右用分離鉗進入盆腔。找到卵巢囊腫的位置，進行剝除囊腫，在剝除後，囊腫創面會存在有少量的出血，可以用雙極電凝鉗進行止血，也可以通過縫合的手段進行縫合止血，就可以恢復到正常的卵巢組織。
單側巧克力囊腫在臨床上也可能會自然受孕，因為一側卵巢巧克力囊腫，另一側卵巢組織正常的情況下，仍可以週期性的分泌雌激素、孕激素，仍然會排卵，所以就有自然受孕的機會。建議在臨床上最好通過B超監測排卵，在健側的卵巢有排卵的情況下選擇同房，就會提高懷孕的幾率。
存在卵巢巧克力囊腫，如果囊腫的直徑比較小，小於3cm，而且臨床症狀比較輕，只是輕度的腹痛，這種情況可以正常的備孕，因為卵巢巧克力囊腫體積比較小，對卵巢功能的影響相對比較小，基本排卵是正常，建議積極的備孕，在懷孕期間，由於不來月經，卵巢巧克力囊腫也有可能逐漸的萎縮。
巧克力囊腫和子宮腺肌症都是由異位的子宮內膜引起的疾病，病因相同，但發病部位不同，症狀也有區別。巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現，是內膜異位到卵巢引起，而子宮腺肌症是子宮內膜腺體、間質侵入到子宮肌層。發生巧克力囊腫時囊腫大小不一，單個或多發，多表現為下腹痛和痛經，囊腫較大時發生破裂可引起突發性劇烈的疼痛，屬於急腹症之一。