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有了卵巢巧克力囊腫，女性可能不容易懷孕，差不多有一半以上的巧克力囊腫無法自行懷孕，但是也有一部分人可以懷孕，最關鍵的點是疾病的進展過程。在早期，僅僅只是形成巧克力囊腫，沒有破裂，沒有形成盆腔的粘連，這種巧克力囊腫完全可以自然懷孕。
巧克力囊腫也分很多種，囊腫很大，已經超過了10cm，或者巧克力囊腫時間很長，做B超或者CT，發現囊腫的內壁已經形成了新生的乳頭，這種就有可能為巧克力囊腫惡變，必須及時做手術治療。此外，巧克力囊腫要查CA125，如果CA125突然間從50-60U/ml升到500-600U/ml，這種情況也要及時做手術。
巧克力囊腫為卵巢子宮內膜異位造成，常合併有盆腔子宮內膜異位，巧克力囊腫手術為卵巢囊腫剝除和盆腔異位灶清除。手術術後多久備孕要根據手術中異位灶的分佈情況來評價，最好與手術醫生溝通，聽取醫生的建議，在最佳懷孕的時期進行受孕。一般巧克力囊腫剝除後，卵巢需要2-3個月的恢復期，3個月後備孕最好，以免巧克力囊腫復發而影響卵巢和輸卵管的功能，從而影響備孕。但如果巧克力囊腫手術時，發現有嚴重的盆腔子宮內膜異位病灶或者合併子宮腺肌症，一般術後均要使用藥物抑制排卵，抑制月經3-6個月，待病灶完全萎縮後再積極備孕。
巧克力囊腫是卵巢子宮內膜異位形成的囊腫，臨床表現常有痛經、排卵痛、月經不調等表現。根據囊腫的大小、臨床表現以及短期內是否有妊娠意願，來選擇治療方法。如果囊腫＜5cm、痛經不明顯，在備孕期可以積極試孕3-6個月，如果受孕成功，妊娠是治療巧克力囊腫較好的一種方法，術後鼓勵長時間餵奶。如果3-6個月未成功，先行輸卵管造影明確輸卵管是否通暢，如果輸卵管不通，做巧克力囊腫剝除的同時，做輸卵管疏通，以利於治療後積極備孕。如果囊腫＞5cm、沒有生育要求，可以行腹腔鏡下巧克力囊腫剝除，根據術中盆腔低位子宮內膜異位灶的病變程度來決定是否需要加用術治療，口服避孕藥，或者人為閉經的方法來調理。
卵巢的巧克力囊腫是困擾現代女性的一個婦科常見疾病，發病率據不完全報道高達30-40%。除導致痛經、月經異常外，相當一部分不孕患者往往都合併有巧克力囊腫，所以巧克力囊腫的治療事關重要。因為巧克力囊腫容易和周圍組織粘連，所以手術中一定要辨清周圍組織的解剖，容易損傷的輸尿管一定要將其辨明清楚，粘連較重的可以先將輸尿管遊離，遠離手術區域之後再進行巧克力囊腫的剝除。再者，巧克力囊腫往往與周圍組織有粘連，所以分離的時候一定要儘量小心使用銳性方法，使其和正常卵巢組織分離，對出血部位要及時的電凝止血。手術後巧克力囊腫的治療也事關重要，因為巧克力囊腫的複發率極高，單純的手術剝除之後極有可能導致巧克力囊腫短期復發，所以後續藥物治療非常重要，往往會針對巧克力囊腫術後使用3-6個月的藥物治療，目的就是為了防止巧克力囊腫復發。
巧克力囊腫是子宮內膜異位症的一種表現形式。正常情況下，宮腔裡有子宮內膜，內膜每個月週期性脫落形成月經。若是子宮內膜種植於子宮腔之外，如卵巢、子宮直腸窩、盆壁、腸壁等，逐漸生長，在發生月經的時候，這個地方也會出血。如果是宮腔裡的子宮內膜，即在位內膜，可能會隨著月經排出去， 可是在宮腔之外的內膜，即異位內膜，這種異位內膜出血不會排出，多在局部堆積，特別是在卵巢堆積，並向卵巢內部浸潤構成包塊，這些血塊常年經久的累積變成巧克力樣的膿性陳舊血液，類似於咖啡顏色，即是巧克力囊腫。通常在做手術的時候，把囊腫剝離出來，裡邊會有很多巧克力樣液體流出。巧克力囊腫對病人的影響主要是痛經，晚期會影響患者受孕能力。