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巧克力囊腫會造成腰疼。巧克力囊腫實際叫卵巢的炎症性囊腫，是子宮內膜異位的囊腫，往往是有炎症，可以造成輸卵管和卵巢以及子宮粘連，粘在一起以後就會壓迫神經造成腰疼，有的人還會造成肛門的墜痛、肚子疼等。壓迫和粘連到哪裡就會造成哪裡的症狀，所以腰疼的症狀在巧 克力囊腫患者中是非常常見的，這種疼痛往往累了以後或者著涼以後就會更加明顯。有的人一同房就會特別疼，造成恐懼和懼怕性生活，對夫妻感情影響也非常大。
卵巢巧克力囊腫的產生，與卵巢激素的分泌有關，主要發生於育齡期女性。如果通過手術將巧克力囊腫剝除，正常卵巢組織得以保留，卵巢分泌的激素仍可能引起巧克力囊腫復發。因此卵巢巧克力囊腫經過手術並非治療的終結，患者需進行後續的治療措施以避免復發。
巧克力囊腫可表現為CA125增高。大部分患者在發病初期症狀較輕時，巧克力囊腫較小，CA125可能沒有變化。CA125增高常見於重症子宮內膜異位症，或者是深部浸潤型子宮內膜異位症的患者。一般CA125增高範圍較為寬泛，對於輕度或者輕度升高CA125患者，可以先採取觀察治療。
卵巢巧克力囊腫由於是在卵巢上生長，所以可能影響卵巢的功能，影響卵巢排卵，所以會對月經有一定影響。部分卵巢巧克力囊腫患者，可以表現為月經不太規律或點滴狀出血，可能引起月經改變。
卵巢巧克力囊腫有時會發生破裂，在患者月經來潮時，巧克力囊腫裡面異位的子宮內膜也會出血，出血後巧克力囊腫的壓力增加，增加後表面可能出現破口，根據破口大小不同，症狀也有所不同，具體症狀分析如下：
以往如果患者行卵巢巧克力囊腫手術，住院時間多在1周以上，而現在通常僅需住院3-5天即可。但根據每個患者體質不同，住院的時間長度亦有細微差別，但總體住院時間均明顯縮短。
卵巢巧克力囊腫屬於贅生性囊腫，通常出現後難以自行消失，可以隨著女性每次月經逐漸長大。少數情況下，如果巧克力囊腫較小，如僅為1-2cm不影響妊娠，在女性懷孕後，可能對巧克力囊腫有一定治療作用，即分娩後複查時，發現巧克力囊腫已自行消失，但此情況 較少見。
通過熱敷小腹，不能使巧克力囊腫轉歸，但是可以增加局部血液循環，減輕患者的疼痛症狀，症狀減輕後可能會產生舒適感。巧克力囊腫是子宮內膜異位到卵巢上的一種疾病，屬於器質性病變，且卵巢已經形成囊性增大的病變。