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子宮內膜異位症中的卵巢巧克力囊腫是臨床常見的一種卵巢腫瘤，通常手術病理都是以良性為主，一般鏡下即見到子宮內膜間質細胞便可診斷異位病灶，極少數發生惡變，其發生率小於1%。發生惡變的機 制目前而言在醫學上並不清楚，但是在日常的臨床工作中，對於複發性的子宮內膜異位症一般要警惕惡變的可能性。因為有時由於一次手術後，二次復發基本上不再考慮手術治療。通常而言，對於體積過大的囊腫，必要時需要進行囊腫穿刺，送檢病理，以防止惡發的可能性。子宮內膜異位症巧克力囊腫，通常而言手術的效果比較好，但是對於是否完全徹底根治，各種情況是不同的。因為一般其複發性比較高，所以對於巧克力囊腫術後的患者，通常主張的不是一味用藥物治療或者慢慢等待，通常建議如有生育要求，應儘快妊娠。
卵巢巧克力囊腫本身是一種激素依賴性的疾病，隨著體內月經週期的改變，卵巢內激素的調節受到各種因素刺激，囊壁及囊內的出血情況反覆出現，故而一般不會自動消失。但是如 果使用一些激素抑制藥物，或者在一些特殊時期，如絕經期、妊娠期，囊腫可能因為失去激素的刺激，使病灶縮小。通常而言，卵巢巧克力囊腫一般可以考慮藥物和手術治療兩種方式。對於藥物治療而言，通常其適應症是對於卵巢囊腫比較小，沒有生育要求，且症狀不明顯的患者所進行的。而對於有生育要求的女性，如果年輕、功能好的情況下，囊腫的體積較大時，一般主張手術治療後積極妊娠。
子宮內膜異位症和不孕症之間有一定相關性，50%的子宮內膜異位症患者，可能合併有不孕症。子宮內膜異位會造成輸卵管拾卵功能下降或盆腔生物環境較差，有大量炎症因子，將卵母細胞殺滅，不容易懷孕。患者需要根據患者子宮內膜異位症的分期及嚴重程度，來判斷選擇適合受孕的方式。一般Ⅰ期或Ⅱ期患者，有可能自然受孕，Ⅲ期或Ⅳ期患者，需要通過人工助孕的方式來懷孕。
子宮內膜異位囊腫，是子宮內膜細胞異位到卵巢組織上，形成的囊腫，隨著月經週期出血，可逐漸增大。其囊性結構主要是子宮內膜的上皮細胞腺體，囊內會充滿陳舊性血液，血液長時間濃縮，顏色變成類似於巧克力色，又稱為巧克力樣囊腫。囊腫的外面為瘢痕組織、纖維化組織包裹，通過超聲檢查，可出現卵巢不均質回聲，隨著時間的延長，囊腫還會越來越大。
子宮內膜異位症，最常見的是卵巢部位子宮內膜異位症，該病屬出血性疾病，常見週期性出血，因卵巢部位出血無排出通道，出血可積攢形成包血，最後表現黑巧克樣病變，其顏色深淺與囊腫時間存在一定關係。病灶發生於腹膜，可見點狀紫藍色結節或白色結節，部分患者可見炎 症性改變，因無菌性炎症誘發水泡樣病變，部分患者又因炎性刺激可見局部腹腔內粘連。
剖宮產瘢痕憩室臨床中稱剖宮產瘢痕癒合不良更為適合。剖宮產手術需同時切開腹腔及子宮，取出嬰兒後再進行縫合，術後腹部可見明顯疤痕，子宮瘢痕同樣存在。如疤痕癒合過程生長較差，局部形成凹陷，即形成子宮剖宮產瘢痕癒合不良。剖宮產患者瘢痕100%存在，無法避免，臨床上建議患者，若無手術指徵情況 ，儘量避免剖宮產手術，如需手術，醫生應對剖宮產手術切口進行確切縫合，以減少術後剖宮產瘢痕癒合不良的情況。
子宮內膜異位囊腫可分開理解，即首先發生子宮內膜異位，之後發生囊腫。子宮內膜正常情況應位於子宮腔內，異位後則出現於子宮腔外，又稱子宮腔以外子宮內膜囊腫，最常見的發生於卵巢部位，異位的子宮內膜應無功能或不該出現於該位置，但隨女性生理週期激素變化，依然 表現出血癥狀，局部因出血無法正常排出，逐漸形成積血，即子宮內膜異位囊腫或巧克力囊腫。