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肝門部膽管癌在肝膽外科也是相對比較大的手術，肝門部膽管癌手術風險包括手術當中麻醉意外、手術中出血，以及心肺突然意外，手術後風險也有手術後膽瘻、出血、腸瘻等。因為要做肝門膽管癌，手術切除之後會做膽腸、腸腸吻合，這一系列吻合口都有可能發生瘻的風險，但有風險並不一定出現。
膽管癌手術後可能會復發，癌症之所以是癌症，具有容易復發、轉移、浸潤、生長及其他器官侵襲的惡性生物學特徵。膽管癌是惡性腫瘤中侵襲性較強，即惡性程度較高。接受完手術之後，切除原發的癌變病灶，這種情況對於散落在周圍的潛在癌細胞，肉眼看不見的細小癌細胞，手術不可能將其清除。
膽管癌是一種比較少見的疾病，大多數病人是在晚期被發現，存活時間會比較短。一般來說，不經過治療，很難超過半年的時間。 膽管癌晚期時這個疾病已經出現多處的淋巴轉移或者器官轉移，給治療帶來了很大的難度。早期通常不會出現很明顯的症狀，也難以被人所發現。腫瘤惡性程度一般都比較高，增長速度會很快，會堵塞人體膽道系統，造成梗阻性黃疸，出現一系列的併發症導致死亡。當然，這個疾病晚期的生存率還取決於能否被有效治療。目前對於這種疾病的治療，如果具備手術可能，還是應採取以手術為主的綜合治療手段，儘量延長生存期。手術方式要根據腫瘤位於膽總管的具體哪個位置，手術之後可進行輔助放療或化療，儘量延長患者的生命時間。有數據統計，能進行手術治療的膽管癌患者，平均存活期為24個月。 這種疾病的生存率，主要是看治療的效果。一般來說，發現越早，治療效果肯定會越好，生存時間肯定會高很多。所以，平時要注意身體檢查，避免疾病遷延至 晚期。
臨床上並沒有膽管癌晚期患者臨終前15個症狀，較為常見的症狀有黃疸、高熱、疼痛、腹水、少尿或無尿、昏迷等。1、黃疸：在腫瘤的壓迫下，膽管狹窄或梗阻，出現肝內膽汁淤積，發生黃疸，表現為眼黃、尿黃、皮膚黃等；2、疼痛：包括腫瘤壓迫出現的上腹部疼痛、腫瘤治療引起的疼痛、機體免疫力低下引起的局部感染疼痛，以及侵犯周圍神經導致的全身多處疼痛；3、大小便異常：包括膽管受阻導致血膽紅素增高及尿、糞膽原排出減少，血膽紅素增高引起濃茶樣尿，以及大便灰白色或呈白陶土樣，以及可併發肝腎綜合徵如少尿或無尿、稀釋性低鈉血癥、氮質血癥；4、腹水：腫瘤壓迫肝外膽管或肝內膽汁淤積時高濃度的膽紅素可損害肝細胞，久之可能發生肝硬化，導致門靜脈高壓，出現大量腹水；5、全身症狀：癌性發熱、腫瘤侵犯胃腸道引起的食慾不振、噁心嘔吐及腫瘤消耗引起的乏力 、極度消瘦等。除此之外，根據腫瘤轉移位置的不同可能還會引起咳嗽、胸悶、氣短、咯血、皮膚黏膜出血、消化道出血、水腫等。嚴重時出現中毒性腦病，引起昏迷。當膽管癌晚期時，應當給患者心理安慰，配合醫生治療。當患者疼痛時，升階梯鎮痛處理，緩解症狀；在治療允許的情況下，儘可能滿足患者願望，保持良好的心態、配合治療有利於延長生存期。
膽管癌晚期一般是很難做手術治療，所以出現奇蹟，能夠完全康復，這種情況在臨床當中目前還沒有發現過。不能夠完全把希望寄託在奇蹟上面 ，需要進行有效的抗腫瘤、營養支持、減輕痛苦等治療。可以期盼有奇蹟，但是也是以儘量減輕痛苦、延長生存期治療為主。晚期只能夠考慮做局部的放療，根據患者情況可以做全身化療。另外，可以配合免疫治療、中醫藥治療等方式，也是可以延長生存期。膽管癌晚期可能會出現黃疸，可以配合介入治療，減輕黃疸的症狀。
膽管癌的患者因為在發病過程中，消化功能會受到比較大的影響，所以原則上要注意吃容易消化的食物，避免吃油炸、油煎、不易消化的食物，適度的碳水化合物、優質蛋白以及充足的維生素是必須的營養，主要是含有優質蛋白、維生素、脫脂的酸奶類食物等。