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膽管細胞癌化療引起的不良反應包括血液學毒性和非血液學毒性，血液學毒性反應主要是指骨髓抑制和肝腎功能損傷等，可通過實驗室檢查指標發現異常，骨髓抑制包括白細胞下降、血小板減少、貧血等。非血液學毒性主要包括噁心、嘔吐等消化道反應，以及過敏反應、皮膚反應、脫髮、神經毒性、心臟毒性等。
膽管細胞癌晚期患者治療以基本的化療為主，會有一定的療效，但整體有效率不是很高，因為膽管腫瘤是乏血供腫瘤，藥物難以到達癌灶，使癌灶處於一個比較高的藥物血液學濃度。但也有一些循證醫學的證據表明，術後患者進行輔助化療，比單純進行手術切除療效更好。對於有淋巴結轉移或血管侵犯的患者，建議儘量進行術後輔助化療。
膽管癌引流即膽管癌患者進行膽道引流，主要是通過積極的支持治療以及必要的抗腫瘤治療方法，達到延長壽命的目的。膽管癌患者進行膽道引流，通常是由於膽管癌已經進入比較晚期的階段，無法通過外科手術進行切除。 膽道引流的目的主要是緩解黃疸，改善肝臟功能，並提高患者生存質量，同時避免出現膽道感染、反覆發熱，實際上會引起比較嚴重的併發症，所以膽道引流是提高膽管癌治療效果的一種方法。
膽管癌晚期患者，通常會出現腹痛、腹水、黃疸，如果得不到有效、及時處理，患者的生命通常為1-2個月，但是如果得到一定積極、有效處理，患者生命可以延長到0.5-1年，甚至更久的時間。膽管癌晚期，意味著膽管癌侵犯到門靜脈或肝動脈，甚至出現肝臟或遠處轉移，此時患 者通常失去了手術的時機，同時伴有一定的臨床症狀，可以出現黃疸、腹水、發燒等症狀。
膽管癌膽管引流分為外引流和內引流，外引流包括經皮肝穿刺引流和內鏡下鼻膽管引流，內引流包括膽道支架置入和外科膽腸吻合。引流相關的併發症主要包括膽道感染、胰腺炎、電解質紊亂、導管脫位、腹痛、穿孔、出血、腫瘤沿膽道播散等。不同的引流方式發生併發症的類型和發生率不同，具體如下：
膽管癌患者身上較癢不一定是惡化。膽管癌患者身上癢最主要的原因是膽道梗阻引起高膽紅素血癥，刺激皮膚的感覺神經末梢，引起瘙癢。黃疸伴有皮膚瘙癢是大多數膽管癌患者的首發症狀，約90%-98%的膽管癌患者會出現黃疸。膽管癌出現黃疸的早晚不僅與腫瘤 大小有關，還與腫瘤的生長方式有關。臨床上根據膽管癌的形態，可分為乳頭狀型、硬化型、結節型和瀰漫浸潤型四種，以浸潤型較多見。有的腫瘤向腔內生長，早期即可出現膽汁引流受阻，從而導致黃疸。膽管癌出現膽道梗阻還可繼發膽道感染，加重黃疸。
膽管癌患者起病隱匿，大多數患者在發現時都處於中晚期，加之解剖的侷限性，手術達到R0切除的機會較少，大多數患者術後需進行化療。但具體是否需要化療，取決於腫瘤分期和手術的徹底性。對於根治性手術切緣陰性、淋巴結沒有轉移的患者，可以選擇觀察或者 化療。對於切緣陽性，即鏡下有腫瘤殘留，或者有淋巴結轉移的患者，應給予系統化療或者放化療。對於術中肉眼有腫瘤殘留的患者，治療原則和不可切除的膽管癌患者一致，化療或者聯合放療是主要的治療方式之一。
膽管癌換肝有一定意義，但是需視具體情況而定。膽管癌分為肝內膽管癌和肝外膽管兩種類型。肝內膽管癌診斷時往往已經是中晚期，侵犯肝臟面積比較大，或者侵犯血管，根治性切除很困難，肝移植手術效果也並不好，往往會出現早期復發或者轉移。