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肝切除手術的恢復時間一般是5到10天，一般術後三天就可以恢復飲食了，腹部切口在術後一週就能拆線，完全恢復大概需要一個月的時間。膽管切開取石手術需要在膽管裡放置T管，T型管放置的時間大概是4到6周，4到6周以後經過T管造影以及膽道鏡檢查，確認沒有殘留結石就可以拔掉了。膽腸吻合手術因為要切斷小腸，再把小腸和膽道重新接起來，對腸道功能會有比較大的影響。
膽管結石的手術時間很難判斷，簡單的膽管結石手術時間可能僅需不到1小時，而複雜的膽管結石手術時間有可能需要5-6小時，甚至有時一次手術無法完全根治，還需要多次手術才能夠完成。相比肝內膽管結石，肝外膽管結石治療較為簡單，可以通過膽總管切開、膽道鏡取石或者內鏡ERCP的方式進行治療，一般手術花費時間相對較短。而肝內膽管結石較為複雜，不僅存在結石，而且還會造成病變膽管狹窄，甚至還有可能引起肝臟的萎縮和癌變。這時手術方式並不是單純地取出結石，還應當注意解除狹窄、通暢引流，必要時還需要通過切除部分肝臟，才能夠達到治療目的，會造成手術時間明顯延長。而對於肝內廣泛結石的患者，甚至有時候還需要分次進行手術，否則患者很難耐受。
膽管結石的治療 肝外膽管結石的治療：肝外膽管結石現仍以手術治療為主。手術治療的原則是：①術中儘可能取盡結石；②解除膽道狹窄和梗阻，去除感染病灶；③術後保持膽汁引流通暢，預防膽石再發。 膽管結石的併發症 急性期併發症 肝內膽管結石病的急性期併發症主要是膽道感染，包括重症肝膽管炎、膽源性肝膿腫及伴隨的感染性併發症。感染的誘因與結石的梗阻和膽道的炎性狹窄有關。急性期併發症不僅死亡率高，而且嚴重影響手術效果。 慢性期併發症 肝內膽管結石病的慢性期併發症包括全身營養不良、貧血、低蛋白血癥，慢性膽管炎和膽源性肝膿腫，多發性肝膽管狹窄，肝葉纖維化萎縮，膽汁性肝硬化、門脈高壓症，肝功能失代償，以及與長期膽道感染和膽汁滯留有關的遲發性肝膽管癌。肝內膽管結石病的慢性期併發症既增加了手術的困難，也影響手術效果。
繼發性膽管結石主要來源於膽囊，因較多膽囊結石通過膽囊管排出並進入膽總管，引起繼發性膽管結石。此時有可能引起膽管梗阻，導致急性膽管炎，出現腹痛、黃疸、發熱等一系列症狀。由於膽囊的膽汁酸與膽固醇比例失調，機體形成膽固醇性結石，較小特別是＜0.5cm時， 易通過膽囊管排出並進入膽總管，從而引起嚴重的症狀和體徵，特別是多發性小結石或泥沙樣膽囊結石，更易出現繼發性膽管結石。
ERCP取石是一種微創手術，但任何手術都有一定風險，只是概率大小不同而已。ERCP取石的培訓週期較長，只有經過正規培訓的有資質的醫生才能實施手術。ERCP膽總管取石較大的幾個併發症是出血、胰腺炎、穿孔，雖然發生率比較低，但是一旦發生，處理起來比較棘手。
膽總管結石ERCP術後患者恢復時間的長短與其否產生併發症密切相關。如果術後無明顯併發症，術後行鼻膽管造影無結石，患者無腹痛，3-7天左右拔除鼻膽管後即可出院。如果出現併發症，則需要進一步觀察。
膽總管結石伴擴張建議儘早手術治療。膽總管結石會導致膽道梗阻，膽汁無法排出，膽管內壓力上升，從而出現膽總管擴張，長期如此可導致膽道感染、慢性炎症，出現其它嚴重的併發症，因此建議 手術治療。