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相對於肝外膽管結石或膽囊結石，肝內膽管結石的治療較為複雜。肝內膽管結石稱為肝膽管結石，我國較多見，屬於較難治的膽道疾病。無症狀膽管結石無需治療，定期觀察隨訪。若患者的臨床症狀反覆出現，應進行手術治療，手術原則為儘可能取 淨結石，解除膽道狹窄或膽囊梗阻。此外還需去除結石部位和肝臟病灶，恢復並建立膽汁引流通道，防止結石復發。手術治療措施包括經膽道鏡下進行肝內膽道取石，激光和超聲碎石等。大多數肝內膽管結石患者，經過積極治療後可治癒。
膽管空腸手術後可能會存在後遺症。正常情況下，十二指腸乳頭是單向閥門，膽道中的膽汁可從膽管流到腸道，但是腸道中食物渣、胃腸液等無法反向流到膽道。而如果進行膽腸吻合，十二指腸乳頭可能變成雙向閥門，膽汁可流到腸道，腸道內容物也可反流到膽管，產 生相對比較常見的併發症，即逆行性感染。