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腦膿腫手術切除最好時期是在腦膿腫成熟後，患者生命體徵均正常，體溫不太高，沒有明顯頭痛，患者各項指標都很正常的時候可以切除腦膿腫，因為腦膿腫在比較侷限時切除最為合適。
目前尚無腦膿腫治癒標準，患者症狀消失，在多次神經影像學複查過程中，膿腫的影像學情況保持穩定，可以考慮腦膿腫治癒。腦膿腫是腦部常見的化膿性感染。最標準的治癒方式是通過手術，將膿腫壞死以及膿腫進行全切，且在後續抗炎治療過程中，沒有新的膿腫出現和膿腫復發的跡象，才算腦膿腫徹 底治癒。
腦膿腫的穿刺抽膿手術屬於微創手術，如果患者在進行手術之前，沒有因為腦膿腫引起腦疝，而處於意識相對正常的狀況，只是有比較嚴重的頭痛、嘔吐等顱內壓增高症狀。經過穿刺抽膿之後在1-2天可以有明顯緩解，甚至剛剛進行穿刺抽膿之後病情就能夠得到明顯的緩解。
腦膿腫破裂是臨床上比較嚴重的一類疾患，無論是腦梗面破裂造成硬膜下積膿，還是深部破裂造成腦室內積膿，都是一類死亡率非常高的嚴重顱內感染，有時患者死亡率可以達到半數以上，治療上比較棘手。所以對於腦膿腫破裂，實現完全治癒的概率明顯降低，有不少患者會因為腦膿腫破裂而危及生命。