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在治療黴菌性食道炎之前，首先要了解產生黴菌性食道炎的原因，針對病因才能進行相應的治療。其病因主要包括長期大劑量的使用廣譜的抗菌藥。另外，長期應用大量的腎上腺皮質激素和長期大劑量的放射線的照射，以及大劑量的使用免疫抑制劑。在營養不良、老年體弱，一些消耗性疾病、手術等，導致機體免疫低力低下時，可以產生白細胞吞食及殺菌功能的降低，均可以產生黴菌性食道炎。
如果患者明確存在有胃食管反流病或者反流性食管炎吃嗎丁啉有用處，但常常要同抑酸藥聯合使用。患者需要口服質子泵抑制劑，包括奧美拉唑或者雷貝拉唑等，聯合嗎丁啉治療反流性食管炎效果比較理想，具體的藥物的用法用藥可以諮詢專科醫生。
食管炎病人能吃米飯，但最好是能吃流食、半流食或者是其他麵食。對於食管炎的病人還需要注意避免吃太熱、太燙的食物，而且要避免暴飲暴食，以免會損傷食管黏膜而導致食管炎病情加重。
食管炎做電子胃鏡能查出來，在電子胃鏡下可以直觀看到食管炎症位置、炎症範圍，還有炎症的嚴重程度。如果存在特殊疾病，還可以必要的時候行胃鏡下鉗取黏膜活組織送病理活檢或者行鏡下治療術。
得了黴菌性食管炎並不一定就是艾滋病。黴菌性食管炎是由白色念珠菌感染導致的一種條件性感染性疾病，它的發生原因與機體免疫力極低有著直接關係。對於艾滋病患者，艾滋病一旦進入發病階段，確實可能會出現各種各樣的條件性感染，它出現的原因也與機體免疫力極低有非常大的關係，常見比如有口腔念珠菌感染、黴菌性食管炎、卡氏肺囊蟲肺炎、鉅細胞病毒感染、皰疹病毒感染、肺結核等等。