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尿道下裂手術疼痛因人而異，大部分可能疼痛2天左右。大齡兒童陰莖較大，勃起張力較大、疼痛較明顯，嬰幼兒可無明顯疼痛。疼痛管理為尿道下裂治療環節中重要方面，通常2-3天后疼痛緩解，無需再次使用止痛藥物處理。疼痛敏感者， 可請麻醉科進行疼痛會診。麻醉科會診後給予患兒應用鎮痛泵，通過靜脈注射持續用藥，患兒疼痛緩解比較明顯。
尿道下裂手術術後多數無需拆線處理，尿道下裂手術縫線一般採用自動吸收縫合線，因為尿道下裂手術屬於精細操作手術，於高倍放大鏡下進行操作。如果使用普通縫合線進行縫合，會給患者帶來較大痛苦。因此，現階段一般採用自動吸收縫合線縫合 。
尿道下裂手術檢查包括常規術前檢查、尿道下裂伴發畸形檢查、尿道下裂鑑別診斷檢查。常規術前檢查包括檢查基礎疾病、凝血功能及肝腎功能、心電圖、胸片情況，有無傳播性疾病等。伴發畸形檢查具體如下：
尿道下裂發生與遺傳有關，有20%-25%的臨床病例明確有家族遺傳性，可遺傳下一代。尿道下裂患者的兄弟患尿道下裂概率比正常人高10倍，同胞兄弟患病風險大概為12%，故尿道下裂表型越嚴重，親屬尿道下裂患病比例較高。
冠狀溝型屬於遠端型尿道下裂，故尿道下裂冠狀溝型並非為較難手術。尿道下裂手術難度取決於陰莖下彎程度，下彎越重難度越高，尿道開口較靠近陰莖、陰囊、會陰部，手術難度會較高。
輕度尿道下裂是否需進行手術需評估下彎程度，1型尿道下裂可能為遠端型，尿道開口在陰莖頭、冠狀溝或冠狀溝下端。由於陰莖為彎曲，故在陰莖矯直前無法完全判斷尿道真實開口部位。
冠狀溝型尿道下裂稱為遠端型尿道下裂，遠端型尿道下裂分型主要依靠尿道開口位置，但需考慮陰莖下彎程度。如果陰莖未發生下彎，尿道開口於冠狀溝處，需評估尿線；若尿線較遠，可進行保守治療。但如果存在下彎情況，且開口在冠狀溝處，建議進行手術治療，若不進行手術治療且開口在冠狀溝處，對未來生活、陰莖生長發育產生影響。