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新生兒房間隔缺損3mm可以自愈，自愈時間通常在一歲半以內，房間隔缺損3-8mm在一歲半以內也有較小几率癒合的可能，但房間隔缺損＞8mm基本無法自愈。房間隔缺損在3mm以內的兒童只需要定期複查超聲，3mm以上就要在複查超聲的基礎上制定個體化治療方案，在改善心功能的情況下選擇合適的手術治療時機。
房間隔缺損自愈程度和患兒本身的生長發育情況相關，在數據上並沒有統一的面積定性，但在某些學術材料當中提到小於0.5釐米的房間隔缺損，隨孩子的生長發育，自我癒合的可能性相對較大。
醫學上小型的房間隔缺損直徑＜6mm，中型的房間隔缺損直徑在6-8mm，大型的房間隔缺損直徑是＞8mm。缺損12mm已經屬於大型的房間隔缺損，自然閉合的可能性很小，房間隔缺損的面積越大，心臟的血流動力學改變就越嚴重，對孩子的發育成長產生嚴重的影響。這種情況下需要及時進行手術治療，通過介入手術放入封堵器以封堵住缺損口，實現左右心房的分流。
房間隔缺損屬於先天性心臟病的一種，如果房間隔缺損5mm是不嚴重的，因為房間隔缺損在5mm以下屬於微小缺損，它對人體的血流動力學並沒有特別的影響，如果沒有症狀，可以保守定期的複查。如果出現胸悶、氣短甚至活動耐力的降低，需要進行治療。
房間隔缺損的介入治療，已經成為房間隔缺損的有效治療手段，它有微創、損傷小、效果好的特點。對於房間隔缺損手術的費用，取決於術中應用的耗材情況。比較簡單的房間隔缺損的封堵，用一個封堵傘和相應的封堵傘傳導系統，大概是10000-20000塊錢左右。術中如果沒有併發症，加上手術費及其它費用應該是35000塊錢左右。