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先天性房間隔缺損有一定危險，先天性房間隔缺損是小兒先天性心臟病中最常見類型，危險相對於其它先天性心臟病輕很多。先天性房間隔缺損主要是左心房和右心房之間有異常通道沒有關閉，造成血流在左心房和右心房之間分流。因為兩者之間壓力差比較小，故分流量相對比較小，但影響是逐漸性、長期性，一般在小兒長大之後會對患者肺血管造成一定影響。
房間隔缺損在幼兒期對小孩心臟影響較小，故一般不主張早期手術。除非房間隔缺損非常大、分流量很大，對心臟造成很大影響，才進行早期手術。如果中等程度或者更小房間隔缺損，其自愈率比其他高，可以選擇臨床觀察。
房間隔缺損微創一般是用封堵器進行封堵，封堵器把房間隔缺損靠著周圍正常組織，像鉚釘一樣鉚起來。房間隔缺損封堵適應症主要與房間隔缺損大小、位置有關，如果房間隔缺損很靠近邊緣，此時此方法通常不安全。房間隔缺損很大，封 堵器封堵上之後，封堵器容易偏位或者移位，此方法也不安全。
房間隔缺損自愈可能性比較大。如果房間隔缺損不是很大，而且小時候影響不大，可以臨床觀察。房間隔缺損自愈主要是周圍正常房間隔組織，向缺損地方逐漸收攏、癒合。一旦癒合之後，房間隔缺損復發可能性幾乎很小，因為房間隔缺損兩邊壓力差並不大。
臨床上僅發現房間隔缺損有家族聚集性，如患者兄弟姐妹均有房間隔缺損症狀出現，但不能說房間隔缺損會遺傳，而只能說具有遺傳傾向。遺傳傾向和遺傳是不同概念，遺傳指某種疾病為遺傳病，但房間隔缺損不是遺傳病。
房間隔缺損手術包括介入封堵術和右腋下小切口手術，個別情況下可經正中做手術。介入封堵術一般在局麻下進行，優點包括手術時間較短，術後恢復較快，且無手術切口，術後不見疤痕。缺點為拍胸片時心臟位置可出現異常陰影，過安檢需到醫院開具證明，因此部分患者會放棄介入封堵術。
房間隔缺損的症狀表現與缺損部位、大小及患者的年齡有關。若患者的年齡較小，房間隔缺損對心臟影響較小，因此與健康兒童相比無明顯症狀，常於體檢時或者因為其他原因檢查時發現。