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幼兒川崎病一旦發病，一般會在發病後的兩週內出現冠狀動脈的損傷，比如冠狀動脈瘤或者是冠狀動脈狹窄、閉塞、擴張。尤其是起病年齡比較小的患兒，有持續性發熱，伴有臨床心肌炎的症狀，冠狀動脈的損傷幾率更大。
幼兒川崎病是否要終生複查取決於患者的病變嚴重程度。川崎病為自限性疾病，若患者病變沒有累及冠狀動脈系統，在其出院後的1個月、3個月、半年、1年、2年分別進行一次複查，複查未見異常後可考慮治癒，無需繼續複查。
幼兒川崎病多久治好，主要是和患兒是否及時治療有關係。如果患兒在發病後的十天內得到及時救治，一般在一個月左右患兒的疾病就可以完全恢復到正常，但是仍然需要患兒在隨後的數月內進行隨診，瞭解是否有心臟損傷。
幼兒川崎病的治療費用主要是與患兒的病情嚴重程度有關，在早期急性期，如果有明顯的高熱、炎症反應以及心肌受累，就需要用免疫球蛋白衝擊治療，這種治療費用就比較高，大約要3-5萬元左右。
川崎病在3歲以下容易復發，復發的因素是上次感染時留有心臟方面的後遺症的。超過8歲如果沒有復發，那麼復發的可能性很小。這是一種自限性疾病，復發的幾率為1%~2%之間，假如沒有經過有效的治療，冠狀動脈瘤的發病率約在15%-20%之間，但是大多數動脈瘤在1-2年內時可以消失的。
幼兒川崎病如果出現了心肌炎和冠狀動脈血管炎，影響到了心臟，那麼對患兒以後是有很大影響的。一旦形成了動脈血管瘤或者是動脈炎導致的冠狀動脈鈣化、閉塞或者狹窄，會影響心肌供血，通常可能會誘發心肌梗死以及心功能障礙，會影響患兒以後的生長發育以及生存。
幼兒川崎病具體怎麼引起的，原因目前並不清楚，但是大多數患兒在起病前有感染的情況，所以考慮川崎病與病毒感染或者其他病原體感染相關，在此基礎上引發了體內的免疫機制異常，誘發了全身性的血管炎而出現一系列症狀。