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大部分肝膽管結石都比較小，0.6cm以下的結石可以自行排出，沒有必要手術干預，患者病情通常不嚴重。但是，如果肝膽管結石＞1cm，甚至更大的結石，或者患者病情比較嚴重，就有可能需要及時手術干預。
肝膽管結石可以治癒。肝膽管結石的形成和患者體質、生活習慣、飲食習慣都有關係。體質因素無法改變，但是飲食習慣、生活習慣可以改變，良好的生活和飲食習慣有助於治療肝膽管結石。患者可以使用藥物治療，比如熊去氧膽酸、鵝去氧膽酸，可以起到稀釋膽汁、溶石作用。一部分患者靠吃藥和改變生活習慣即可達到治癒目的。
多數肝內膽管結石手術不用切肝。如果結石侷限在肝門膽管或者某一肝段、肝葉膽管中，經肝門膽管切開以後，使用膽道鏡進入擴張的膽管，把結石取出，可以保住正常肝組織。因為切肝本身有手術創傷，而且患者肝組織缺失對預後有影響，因此此時儘量避免切除肝臟。
肝內膽管結石，顧名思義是一種結石，主要是膽汁中含有的膽紅素，在代謝過程中析出的結晶。肝內膽管結石與膽總管結石形成原因相似，可能在膽紅素結晶析出以後，逐漸下移到肝內膽管或者是膽總管，通常是先形成肝內膽管結石較為常見。
肝內外膽管擴張說明膽管下端有病變，包括結石、腫瘤，是最常見的兩種病變。肝內外膽管擴張表現為全身皮膚、鞏膜黃染，尿顏色變成濃茶色，肝功檢查膽紅素明顯上升，直接膽紅素升高為主，建議找出原因。
肝內膽管結石0.4cm體積較小，但關鍵要明確結石位置，結石在遠端膽管基本排不到體外。位於靠近主膽管例如左肝管或右肝管開口處結石，有可能順膽汁流動方向往下走。但正常膽管和腸管連接部位存在稱為奧迪括約肌的解剖結構 ，這個解剖結構相當於膽汁流出的單向閥門，即通過節律性開放和收縮控制膽汁往腸道流動的量和速度。
肝內膽管結石B超可以檢查出來。部分細小肝內膽管結石通過B超容易漏診，因為B超畢竟存在本身的特異度和靈敏度。建議患者進一步進行核磁或CT檢查評估肝內膽管結石的情況和診斷。B超是作為常規體檢手段當中最常用的一種手段，在B 超影像學肝內膽管結石和肝內鈣化灶兩個疾病鑑別較為困難，也是造成混淆的主要原因。