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多數情況下，腦膜炎的治療至少需要2-3周的時間。腦膜炎治療的具體時間取決於新生兒的病情，部分新生兒的症狀比較輕，只是做常規檢查時發現有腦膜炎，同時無其他症狀，此時治療時間相對要短。但有些新生兒的症狀可能較嚴重，出現全身的感染中毒症 狀，再加精神狀態的異常，如異常的嗜睡或異常煩躁，甚至出現抽風、驚厥等情況，提示病情比較嚴重，此時治療的時間相對也比較長。
化膿性腦膜炎的致死率和致殘率比較高，具體需根據感染的病原菌、機體狀況以及是否早期應用充足的有效抗生素有直接關係。比較常見的病原菌包括肺炎球菌、腦膜炎雙球菌、流感嗜血桿菌和金黃葡萄球菌等，通常在發生心臟疾病或者肺部疾病時，經血運導致腦膜、蛛網膜下腔或者腦室等感染。
當兒童出現發燒、頭疼、嘔吐的症狀後，如果家長帶患兒就診，醫生懷疑患兒存在腦膜炎，此時需進行腦脊液的檢查，即腰椎穿刺。部分家長會擔心腰椎穿刺會導致兒童出現生命危險，所以會過度緊張。兒童進行腰椎穿刺檢查，通常情況下並不會 造成生命危險或留有後遺症，所以家長無需過於緊張。
兒童化膿性腦膜炎治療週期的長短，與病情的輕重以及感染細菌種類有關。如果感染流感嗜血桿菌，或者肺炎鏈球菌，患兒的治療週期可能相對較短，臨床上通常需要2-3周。如果感染大腸桿菌或者金黃色葡萄球菌，患兒治療週期可能 為3-4周。
對於兒童出現病毒性腦炎後遺症，如果是合併癲癇發作，需要給予患兒口服抗癲癇藥物進行治療，療程通常為0.5-1年。如果兒童存在肢體癱瘓，或者智力低下，則需要積極進行康復 治療，包括針灸、理療、語言和肢體訓練。
結核性腦膜炎有可能治癒，但結核性腦膜炎的治療比較困難。結核性腦膜炎需要使用抗癆藥物，給予足量、足療程的治療。治療結核桿菌的異煙肼、利福平等藥物，對於結核性腦炎容易發生耐藥，藥物也會有不良反應等，增加治療結核性腦膜炎的困難。
細菌性腦膜炎治療時間一般需要根據患者具體情況進行分析，與患者感染的菌種、細菌耐藥性、抗生素使用情況、有無併發症、有無合併有其它部位感染，有無合併機體其它疾病等因素密切相關。因此，每位患者的情況不同，治療時間也不同。